Pengadilan Agama Mentok dalam menjalankan tugas pokok dan fungsinya mengacu pada pola manajemen dan tata kerja yang telah tertuang pada Peraturan Mahkamah Agung Nomor 7 tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Tertib Kerja Kepaniteraan dan Kesekretariatan Peradilan. 

Berdasarkan PERMA Nomor 7 Tahun 2015 tersebut, dalam Pasal 114 menentukan bahwa Kepaniteraan Pengadilan Agama Kelas II adalah aparatur tata usaha negara yang dalam menjalankan tugas dan fungsinya berada di bawah dan tanggung jawab Ketua Pengadilan Agama Kelas II. Kepaniteraan Pengadilan Agama Kelas II dipimpin oleh Panitera.

Kepaniteraan Pengadilan Agama Kelas II, terdiri atas:

1. Panitera Muda Permohonan;
2. Panitera Muda Gugatan; dan
3. Panitera Muda Hukum.

Sementara itu, berdasarkan Pasal 322 PERMA Nomor 7 Tahun 2015 tersebut, Kesekretariatan Pengadilan Agama Kelas II adalah aparatur tata usaha negara yang dalam menjalankan tugas dan fungsinya berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Ketua Pengadilan Agama Kelas II. Kesekretariatan Pengadilan Agama Kelas II dipimpin oleh Sekretaris.

Kesekretariatan Pengadilan Agama Kelas II terdiri atas:

1. Subbagian Perencanaan, Teknologi Informasi, dan Pelaporan;
2. Subbagian Kepegawaian, Organisasi, dan Tata Laksana; dan
3. Subbagian Umum dan Keuangan